El gobierno y administración de las colonias en América, se llevaron a cabo, mediante la creación de unas instituciones que tenían su sede en la Península y otras, en los territorios americanos.
En la Península se creó el Consejo de indias que estableció leyes para la administración del territorio americano y el trato a la población indígena. Por otro lado, se creó la Casa de Contratación con la finalidad de controlar y organizar el comercio, ya que era monopolio del rey.
En las Indias, el territorio se organizó en dos virreinatos: el virreinato de Nueva España y el de Perú. Al frente de cada uno, había un virrey, nombrado por el rey, que hacía las veces del rey en los territorios.
Los virreinatos se dividían, a su vez, en gobernaciones o capitanías, al frente de las cuales, había un gobernador que asumía el poder político, judicial y militar. Cada gobernación se dividía en corregimientos, presididos por un corregidor.
En las principales ciudades de América, se establecieron audiencias con la función de aplicar las leyes e impartir justicia.
- Los españoles o criollos (descendientes de españoles) ocupaban la cúspide. Tenían el poder político, controlaban el comercio y poseían las tierras.
- La población mestiza (mezcla de españoles con indígenas) tenían una posición intermedia.
- Los indios realizaban las tareas mineras, agrícolas y ganaderas, a veces, con formas abusivas o de servidumbre.
- Los esclavos negros procedentes de África, sustituían a la población india en las zonas donde escaseaban y realizaban las tareas más duras.
Desde el punto de vista económico, de las Indias se obtuvieron abundantes recursos mineros y agrícolas, que fomentaron su comercialización con Castilla.
La conquista puso en manos de los castellanos, grandes yacimientos de metales de preciosos, como las minas de Zacatecas (México) y Potosí (Bolivia). Estas minas eran trabajadas de forma obligatoria (mita) por los indígenas y un porcentaje era destinado a la Corona.
